Baummikrohabitate sind per Definition oft klein. So ist zum Bespiel eine Kleinspechthöhle auf 20 Metern Höhe in der Baumkrone schwer zu entdecken und kann leicht übersehen werden. Deshalb wird empfohlen, mit Feldstechern zu arbeiten. Verschiedene Faktoren beeinflussen die Vollständigkeit von Mikrohabitataufnahmen. Dabei spielt der Beobachter eine wichtige Rolle (Paillet et al. 2015). Klare Anweisungen, sowie eine eindeutige und einfache Aufnahmemethode sind also von grosser Bedeutung. Wichtig ist auch der Aufnahmezeitpunkt: Beobachtungen von Mikrohabitaten auf Bäumen im laublosen Zustand sind einfacher und genauer.
Idealerweise werden Habitatbaumaufnahmen in Zweierteams durchgeführt, obwohl ein erfahrener Beobachter auch allein vollständige Aufnahmen durchführen kann. Jeder Baum wird von allen Seiten vom Stammfuss bis in die Krone beobachtet. Es wird empfohlen, einmal rund um den Baum für die Beobachtung des unteren Stammbereichs zu gehen und ein zweites Mal mit mehr Abstand für den oberen Bereich. Pro Baum werden so zwischen 1 und 3 Minuten gebraucht, je nach Baumgrösse, Hangneigung und Detaillierungsgrad der Aufnahmen. Grundsätzlich gibt es keine besondere Kluppschwelle für die Aufnahme von Habitatbäumen. Für Monitorings- und Forschungszwecke empfehlen wir eine Kluppschwelle von ca. 10 bis 12 cm sowie die Typologie von Larrieu et al. (2018).